Um ano se passa e muitas coisas mudaram. Tom foi tirado do cargo e trabalha apenas com burocracia do governo. Kyle, seu filho, continua em observação e faz testes e mais testes, todos procurando alguma resposta ou ligação com os seres do futuro. Diana consegue adotar Maia formalmente e luta para tirar Tom desse exílio profissional.

Jordan Collier continua aumentando seu império e está lançando um livro sobre os 4400, contando a história de eles todos são a chave para salvar a humanidade. Ele ainda procura por Richard e Lily, que vivem como nômades juntamente com Isabelle, a filha deles, que tem poderes muito fortes e especiais. Eles são perseguidos por três homens que querem matar a todos, mas Isabelle, impede que isso aconteça.

Shawn continua ao lado de Collier e vive sob sua tutela, fazendo curas em algumas pessoas. Mas a verdade é que Jordan tem interesses em mantê-lo já que, desde que tocou a barriga de Lily, Isabelle lhe causaou danos que nem mesmo Shawn é capaz de curar com seu toque.

Coisas estranhas continuam acontecendo com os 4400 e Tom é finalmente liberado para ir com Diana verificar um caso dentro de um hospital psiquiátrico. O que parecia ser um caso de histeria coletiva se revela ainda mais bizarro quando os agentes do governo se juntam à pacientes e médicos do local, construindo o que parece ser uma espécie de telefone para falar com o futuro.

Todas essas pessoas pareciam ser controladas por Tess, um das 4400, mas mesmo com ela afastada a construção continuava. Com ela pronta um uma espécie de raio ou energia faz a coisa funcionar, mas todos pensam que não efeito. Isso até notarem que Kevin, um neurocientista que não falava há 6 anos, voltar a ter controle sobre seu cérebro. Não demora muito e Tom e Diana já sabem que ele é o pai da tecnologia dos 4400, já que trabalhava tentanto ativar as partes não utilizadas do cérebro.