Logo depois do incidente da bomba em Madagascar, Michael Vaughn começa a desconfiar da tremenda sorte que Jack teve em pedir um monitoramento infravermelho, que mostrou o perigo no local onde estava escondido o manual.
Quando o homem que ativou as bombas é encontrado e preso pela CIA, ele descobre que Jack planejou tudo para incriminar Irina.
E quando Sydney parte numa missão, ela acaba se deparando com um projeto secreto que transforma crianças em espiãs. Logo ele recobra sua infância e lembra que Jack a colocou no mesmo programa, tirando suas chances de ter uma vida normal.
Ela fala com ele sobre suas descobertas e resolve que nunca o perdoará por ter feito tal coisa. Em seguida, corre para os braços de Vaughn, sempre pronto a consolá-la.