A vida de espião começa a dar trabalho para Chuck, que já não consegue dar a mesma atenção para Morgan e sua irmã, Ellie. Os dois cobram mais Chuck em suas vidas, mas ele precisa sempre escolher as missões secretas.

Assim, Morgan, que está para ser demitido, e Ellie se juntam e começam a se entender melhor.

Enquanto isso, Chuck, Casey e Sarah se envolvem com a máfia chinesa e Mei-Ling, uma agente secreta da China tentando recuperar o irmão sequestrado.