Enquanto Jack faz sua própria investigação do caso de Emily, com a ajuda de Irina, Sydney acaba alvo das investigações de Kane.
Justamente quando o clima entre ela e Vaughn começa a esquentar. Os dois saem para jantar na França, depois de uma missão e de uma briguinha que rolou mais pela frustração do que por raiva mesmo. Durante o jantar o pessoal da SD-6 invade o sistema da CIA e descobre que sua agente está saindo com o inimigo. Sydney e Vaughn dão um jeito na questão ali mesmo, quando são interceptados e quando as investigações de Jack apontam Kane como culpada da morte de Emily, a questão entre Sydney e Vaughn não vem à tona, deixando todos a salvo.
Para completar, Emily não morreu. Ela está escondida nas Filipinas, numa casinha à beira Mar onde secretamente se encontra com o marido, que planejou absolutamente tudo.