Com o fim da Aliança as coisas não se acalmam na CIA. Uma das agentes em missão acaba sendo explodida no meio de uma calçada em Berlim e lógico que isso tem a ver com Sloane e Sarks.
A agente, Emma, aparentemente foi vítima do próprio namorado, o também agente da CIA, Lennox. Mas, tudo não passa de uma grande farsa. Lennox nada mais era do uma cópia do Lennox original, fruto de uma experiência genética que pode mudar a estrutura física de uma pessoa. Obviamente que é daí que vem a nova Francie, plantada na casa de Sydney por Sloane.
Durante a missão de pegar o protótipo desse esquema genético, Sydney fica frente a frente com dois Lennox e para saber quem é o verdadeiro ela resolve explodir o projeto. No fim um deles morre, mas, vai saber se era mesmo o que deveria ter morrido.
Para completar, Sydney e Vaughn desempatam a foda, literalmente, mas estão sendo gravados por uma câmera instalada pela Francie fake.