Vai chegando o final de temporada e Chuck fica cada vez melhor. A novidade é que pai de Chuck e Ellie finalmente aparece e ele traz muitas surpresas. O homem aparentemente louco e atrapalhado se revela como o criador do Intersect. Isso mesmo!

Chuck sequer imagina que levava na cabeça a criação de seu próprio, que fugia para não ser obrigado a usar seus talentos para o mal e ainda proteger os filhos. Mas, antes de descobrir que é filho do próprio Orion, Chuck precisa fazer uma entrevista de trabalho na Roarks, uma empresa de computadores famosa, onde ele sempre sonhou em trabalho. Roarks, que parece bonachão e animado, é na verdade um desses terroristas digitais ligados à Fulcrum e foi ele quem roubou muitas idéias do pai de Chuck.

Logo em seu primeiro dia de trabalho, Chuck tenta atrapalhar o lançamento de um novo software gratuito, que promete revolucionar o mundo, mas serve mesmo é pra roubar dados do mundo todo.

Enquanto a tensão entre Ellie e o pai não acaba, ele percebe que as plantas deixadas por Orion são as mesmas da Roarks e Chuck decide dar uma de espião mesmo e resolver as coisas sozinho. Munido de muitos tranquilizantes ele segue seu plano de invadir a empresa e encontra com pai. Os dois acabam se revelando um para o outro e bem no momento em que Chuck ia se livrar do Intersect em sua cabeça, eles são abordados por dezenas de agentes da Fulcrum, que prometem matar Chuck se seu pai não construir um novo e mais moderno Intersect para eles.

Mais uma vez querendo proteger o filho, Orion se entrega à Fulcrum e Chuck fica com Casey e Sarah, mas a coisa não vai parar por aí. Agora Chuck quer sair em missão para salvar seu pai, destruir a Fulcrum e quem sabe, com sorte, se livar do Intersect em sua cabeça.